En collaboration avec André Tartar, il a créé le laboratoire de chimie à haut débit de l’Institut Pasteur, devenu en 1997 le département de chimie de Cerep (aujourd’hui Eurofins). En 1999, après avoir passé trois ans en tant que responsable de la chimie et directeur de site chez Cerep, il a été recruté par Devgen (aujourd’hui Syngenta), une start-up belge à Gand (Flandre), où il a mis en place des activités de découverte de médicaments utilisant le ver C. elegans. À partir de 1995, il a géré plusieurs collaborations entre des laboratoires de biotechnologie ou académiques et des entreprises pharmaceutiques (GSK, Merck KGa, Sanofi, Genentech, Bioversys).

Actuellement professeur de chimie médicinale à la Faculté de pharmacie de l’Université de Lille, il est également le fondateur et le directeur de l’U1177, basé à l’Institut Pasteur de Lille et à la Faculté de pharmacie. Ses recherches portent principalement sur la validation des cibles, la chimie médicinale et la pharmacocinétique. L’U1177 explore les domaines des maladies infectieuses, de l’immunologie et du cancer grâce à la conception moléculaire, aux approches basées sur les fragments et à la KTGS, couplées aux technologies de criblage de pointe, notamment l’imagerie cellulaire à haut débit.

Benoît est membre élu de l’Académie Nationale de Pharmacie et directeur de la communication de la Société Française de Chimie Médicinale.
En 2013, il a fondé APTEEUS avec Terence Beghyn, une entreprise axée sur la découverte de médicaments personnalisée pour les maladies métaboliques rares. Deux médicaments candidats découverts dans son laboratoire sont actuellement sous licence pour le développement clinique (tuberculose, SARS-CoV-2). Il est l’auteur de plus de 120 publications, détient 24 familles de brevets, dont 3 ont été sous-licenciées, et a été invité à prononcer 34 conférences.